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Abbiamo recentemente riportato che il nucleotide pirenico è inserito preferenzialmente di fronte a un sito abasico, il 3'-T di un dimero di timina e la maggior parte delle basi non danneggiate dalla DNA polimerasi eta del lievito (pol eta).Poiché il pirene è una molecola non polare senza capacità di legame H, le efficienze insolitamente elevate dell'inserimento di dPMP sono attribuite alla sua superiore capacità di impilamento di basi e sottolineano l'importanza dell'impilamento di basi nella selezione dei nucleotidi da parte di pol eta.Per studiare il ruolo del legame H e della geometria della coppia di basi nella selezione dei nucleotidi da parte di pol eta, abbiamo determinato l'efficienza di inserimento dei nucleotidi modificati in base 2,6-diaminopurina, 2-amminopurina, 6-cloropurina e inosina che creare un numero diverso di legami H con la base del modello a seconda della geometria della coppia di basi.L'accoppiamento di basi Watson-Crick sembra svolgere un ruolo importante nella selezione di analoghi nucleotidici per l'inserimento opposto a C e T, come evidenziato dalla diminuzione delle relative efficienze di inserimento con una diminuzione del numero di legami H Watson-Crick e un aumento di il numero di interazioni donatore-donatore e accettore-accettore.La selettività dell'inserimento del nucleotide è maggiore di fronte al 5'-T rispetto al 3'-T del dimero di timina, in accordo con lavori precedenti che suggeriscono che il 5'-T è tenuto più rigidamente del 3'-T.Inoltre, l'inserimento di A opposto a entrambe le Ts del dimero sembra essere mediato dall'accoppiamento di basi Watson-Crick e non dall'accoppiamento di basi Hoogsteen basato sulle efficienze di inserimento quasi identiche di A e 7-deaza-A, l'ultimo dei quali manca di H- capacità di legame a N7.Le efficienze relative per l'inserimento di nucleotidi che possono formare coppie di basi Watson-Crick sono parallele a quelle per il frammento di Klenow, mentre il frammento di Klenow discrimina più fortemente i disallineamenti, in accordo con la sua maggiore selettività di forma.Questi risultati sottolineano l'importanza del legame H e della geometria della coppia di basi Watson-Crick nella selezione dei nucleotidi sia da parte di pol eta che del frammento di Klen ow, e il ruolo minore della selezione della forma nell'inserimento da parte di pol eta a causa della sua maggiore apertura e meno sito attivo vincolato.