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Approfondimenti meccanicistici su una famiglia Ca2+-dipendente di alfa-mannosidasi in un simbionte intestinale umano.

I batteri del colon, esemplificati da Bacteroides thetaiotaomicron, svolgono un ruolo chiave nel mantenimento della salute umana sfruttando grandi famiglie di idrolasi glicosidiche (GH) per sfruttare i polisaccaridi alimentari e i glicani ospiti come nutrienti.Tale espansione della famiglia GH è esemplificata dalle 23 glicosidasi GH92 della famiglia codificate dal genoma di B. thetaiotaomicron.Qui mostriamo che si tratta di alfa-mannosidasi che agiscono tramite un singolo meccanismo di spostamento per utilizzare gli N-glicani dell'ospite.La struttura tridimensionale di due mannosidasi GH92 definisce una famiglia di proteine ​​a due domini in cui il centro catalitico si trova all'interfaccia del dominio, fornendo assistenza acida (glutammato) e base (aspartato) all'idrolisi in un Ca(2+)- maniera dipendente.Le strutture tridimensionali dei GH92 in complesso con inibitori forniscono informazioni sulla specificità, sul meccanismo e sull'itinerario conformazionale della catalisi.Ca(2+) svolge un ruolo catalitico chiave nell'aiutare a distorcere il mannoside dalla sua conformazione a sedia dello stato fondamentale (4)C(1) verso lo stato di transizione.（Bibliografia: Nat.Chim.Biol.6, 125-32, (2010）

Cromatografia di affinità frontale di glicoasparagina di ovoalbumina su colonna di concanavalina A-sefarosio.Uno studio quantitativo della specificità di legame della lectina.

Le interazioni della concanavalina A (ConA) immobilizzata con Sepharose 4B con 10 glicoasparagine derivate dall'ovoalbumina sono state studiate quantitativamente mediante cromatografia di affinità frontale.In questo metodo, una soluzione di carboidrati viene applicata continuamente a una colonna ConA-Sepharose e il ritardo del fronte di eluizione viene misurato come parametro della forza dell'interazione.È possibile determinare la costante di dissociazione (Kd) per ogni saccaride con ConA.Un'analisi del legame di p-nitrofenil-alfa, D-mannoside ha dimostrato che le proprietà di legame di ConA non cambiano sostanzialmente dopo l'immobilizzazione su Sepharose 4B.Ciascuna delle glicoasparagine ovalbumina è stata etichettata con trizio mediante il metodo di metilazione riduttiva per l'analisi.Un confronto dei valori di Kd ottenuti ha mostrato che il legame di ConA varia considerevolmente con lievissime differenze strutturali della catena glicosilica.I risultati suggeriscono che ConA riconosce una specifica struttura della catena glicosilica, Man alpha 1-6(Man alpha 1-3)Man, in cui almeno un gruppo ossidrilico nella posizione C-3 del mannosio legato al C-6 dovrebbe essere libero.