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La spettroscopia a infrarossi è stata utilizzata per mappare le interazioni substrato-proteina: i cambiamenti conformazionali del reticolo sarcoplasmatico Ca(2+)-ATPasi al legame nucleotidico e la fosforilazione dell'ATPasi sono stati monitorati utilizzando il substrato ATP e gli analoghi dell'ATP (2'-deossi-ATP, 3 '-deossi-ATP e inosina 5'-trifosfato), che sono stati modificati in specifici gruppi funzionali del substrato.Le modifiche al 2'-OH, al 3'-OH e al gruppo amminico dell'adenina riducono l'entità del cambiamento conformazionale indotto dal legame dell'ATPasi, con effetti particolarmente forti osservati per gli ultimi due.Ciò dimostra la sensibilità strutturale del complesso nucleotide-ATPasi alle singole interazioni tra nucleotide e ATPasi.Tutti i gruppi studiati sono importanti per il legame e le interazioni di un dato gruppo ligando con l'ATPasi dipendono dalle interazioni di altri gruppi ligando.La fosforilazione dell'ATPasi è stata osservata per ITP e 2'-deossi-ATP, ma non per 3'-deossi-ATP.Non esiste un collegamento diretto tra l'entità del cambiamento conformazionale al legame del nucleotide e il tasso di fosforilazione, il che dimostra che l'intera estensione del cambiamento conformazionale indotto dall'ATP non è obbligatoria per la fosforilazione.Come osservato per il complesso nucleotide-ATPasi, anche la conformazione del primo intermedio ATPasi fosforilato E1PCa(2) dipende dal nucleotide, indicando che gli stati ATPasi hanno una conformazione meno uniforme di quanto previsto in precedenza.