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Le vie molecolari patogene nelle malattie epatiche cirrotiche come il virus dell'epatite C (HCV), l'epatite autoimmune (AIH) e la cirrosi biliare primaria (PBC) sono scarsamente caratterizzate.I geni differenzialmente espressi sono spesso importanti nella patogenesi della malattia.L'ibridazione sottrattiva di soppressione (SSH) è un approccio a livello di genoma che arricchisce le trascrizioni di mRNA espresse in modo differenziato.Abbiamo mirato a fare nuove osservazioni dell'espressione genica differenziale nella cirrosi usando SSH combinato con la reazione a catena della polimerasi della trascrittasi inversa quantitativa in tempo reale (RT-PCR).I trascrittomi epatici nella cirrosi da HCV, cirrosi AIH, PBC e tessuto epatico non malato sono stati esaminati mediante SSH.I cloni di DNA complementare (cDNA) risultanti sono stati riesaminati per l'espressione differenziale mediante ibridazione dot-blot e quindi sequenziati.L'espressione genica selezionata è stata quantificata mediante RT-PCR in tempo reale.Dopo l'SSH, 694 cloni sono stati riesaminati per l'espressione genica differenziale, di cui 145 sono stati sequenziati e si è scoperto che derivavano da 89 geni diversi.Sette cloni erano omologhi solo con sequenze di tag di sequenza espressa (EST) che codificano geni che non avevano alcuna funzione nota.L'espressione sovraregolata di quattro geni è stata confermata dalla RT-PCR in tempo reale: transmembrana 4 membro della superfamiglia 3 (tetraspanina CO-029) in tutte le forme di cirrosi, proteina interagente del riccio (HIP) nella cirrosi AIH e chitinasi 3-like-1 (HC gp-39 o ykl-40) e ripetizione arginina-acido glutammico (RERE) nella cirrosi da HCV.Polimorfismi del gene RERE e varianti di splicing sono stati osservati in tutti i tessuti esaminati.L'up-regolazione della tetraspanina CO-029 era localizzata principalmente nelle cellule del dotto biliare.In conclusione, sono state effettuate nuove osservazioni sull'espressione genica differenziale nella cirrosi umana utilizzando l'SSH come principale strumento di scoperta.In particolare, sono giustificati ulteriori studi sul gene RERE e sui suoi prodotti nelle malattie epatiche associate all'HCV.